Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRCA1P38398 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRCA1P38398 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRCA1P38398 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRCA1P38398 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms