Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SCN4AP35499 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SCN4AP35499 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SCN4AP35499 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
SCN4AP35499 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN4AP35499 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN4AP35499 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms