Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
ZNF541Q9H0D2 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
ZNF541Q9H0D2 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
ZNF541Q9H0D2 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms