Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms