Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
RPUSD4Q96CM3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms