Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms