Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A4P53420 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A4P53420 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A4P53420 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms