Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC20.7■□□□□ 0.91
SMPD3Q9NY59 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SMPD3Q9NY59 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms