Protein–RNA interactions for Protein: Q59EK9

RUNDC3A, RUN domain-containing protein 3A, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RUNDC3AQ59EK9 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
RUNDC3AQ59EK9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RUNDC3AQ59EK9 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms