Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL5A3P25940 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL5A3P25940 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL5A3P25940 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms