Protein–RNA interactions for Protein: P63158

Hmgb1, High mobility group protein B1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgb1P63158 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Hmgb1P63158 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
Hmgb1P63158 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Hmgb1P63158 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Hmgb1P63158 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Hmgb1P63158 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Hmgb1P63158 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Hmgb1P63158 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Hmgb1P63158 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Hmgb1P63158 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Hmgb1P63158 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Hmgb1P63158 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Hmgb1P63158 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Hmgb1P63158 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Hmgb1P63158 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Hmgb1P63158 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Hmgb1P63158 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Hmgb1P63158 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Hmgb1P63158 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Hmgb1P63158 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Hmgb1P63158 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Hmgb1P63158 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Hmgb1P63158 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Hmgb1P63158 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 7.9 ms