Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-207ENST00000411531 4683 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SLC25A17-217ENST00000544408 2060 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 UNC13B-202ENST00000378496 5063 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LSM14A-201ENST00000433627 3424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DAB1-207ENST00000420954 1817 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 VRK3-209ENST00000594948 1847 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 HEXA-206ENST00000566304 1795 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LINC01301-202ENST00000506428 2444 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EFHC1-221ENST00000636489 2421 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TECTA-201ENST00000264037 6468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 MATN2-211ENST00000521689 3554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 PPT2-EGFL8-202ENST00000422437 4181 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 BX255923.2-202ENST00000620833 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TJP2-206ENST00000453658 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DNM1P41-201ENST00000623634 3350 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DDX54-202ENST00000314045 4380 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TCF12-201ENST00000267811 6061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC020917.4-201ENST00000623994 1999 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EFHC2-202ENST00000420999 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC022364.1-202ENST00000617468 2409 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 CUL4A-203ENST00000375441 4037 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DDX12P-201ENST00000432996 2947 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 COL6A2-204ENST00000409416 3430 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 FLNC-202ENST00000346177 9042 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AL512310.5-201ENST00000551999 515 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 RABGEF1-210ENST00000437078 4319 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NRP2-204ENST00000360409 6662 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SELENOV-202ENST00000423711 1701 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 PIK3CG-205ENST00000496166 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 UROC1-201ENST00000290868 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC11-201ENST00000283441 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 OCA2-201ENST00000353809 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SCARB2-215ENST00000639145 4471 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC244453.2-201ENST00000457996 3543 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TP73-201ENST00000346387 4854 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NRP2-202ENST00000357118 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TBX4-202ENST00000393853 3398 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 RNF43-201ENST00000407977 5516 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TLL2-201ENST00000357947 6756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TNFSF8-201ENST00000223795 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 KLC4-203ENST00000394056 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 MAN2C1-242ENST00000569482 3177 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AC237221.1-201ENST00000561575 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 MTMR4-204ENST00000579925 5622 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0A1-206ENST00000585525 2679 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 DYRK4-201ENST00000010132 1840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 ZNF124-202ENST00000472531 2243 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 NOA1-201ENST00000264230 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 EPHA1-201ENST00000275815 3363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 LINC00638-201ENST00000555578 2518 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 AP3M2-207ENST00000518421 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 SEZ6L-203ENST00000360929 6307 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC112Q8NEF3 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms