Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF485-202ENST00000374435 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TESPA1-201ENST00000316577 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RNASE7-201ENST00000298690 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM226B-201ENST00000602508 1490 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC007336.3-201ENST00000623886 2160 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL513165.1-201ENST00000413915 289 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SDCBP2P1-201ENST00000416115 614 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AHCYP3-201ENST00000420053 1279 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LINC00303-203ENST00000427799 1028 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PRR34-AS1-203ENST00000451166 877 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 OR4A49P-201ENST00000527050 632 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL161668.2-201ENST00000531638 492 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL031705.1-201ENST00000566922 682 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL512324.3-201ENST00000619383 882 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL359075.1-201ENST00000476232 2921 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ALPL-206ENST00000539907 2241 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HTD2-205ENST00000477305 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AADACL4-201ENST00000376221 1575 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 LINC01114-202ENST00000424321 2112 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 METTL13-202ENST00000362019 3022 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF570-202ENST00000586475 1985 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PSMC5-212ENST00000581882 1474 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 APCDD1L-AS1-203ENST00000427140 2092 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MBOAT4-201ENST00000320542 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MRRF-201ENST00000297908 1841 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL591242.1-201ENST00000422284 343 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RPL18AP16-201ENST00000424057 531 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 Z82249.1-201ENST00000453866 568 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC005993.1-201ENST00000555581 397 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC120498.7-201ENST00000562876 330 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC084262.1-201ENST00000567818 751 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HIST1H3E-201ENST00000614911 462 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TGM1-202ENST00000544573 1581 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HOXA1-202ENST00000355633 2016 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 GDPD5-215ENST00000533805 2424 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SRL-202ENST00000537996 1814 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SIGLECL1-208ENST00000614422 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF362-201ENST00000373428 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 OPN4-201ENST00000241891 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 HNRNPL-210ENST00000600873 1633 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CCDC178-201ENST00000300227 3087 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MRPL18-201ENST00000367034 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL121949.3-201ENST00000406684 385 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 POLR3H-204ENST00000407461 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KCNK15-AS1-203ENST00000427598 862 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RPE-208ENST00000436630 1128 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NPAS3-209ENST00000551008 1002 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AL136295.3-201ENST00000558325 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SRP14-208ENST00000560773 468 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PSME2-217ENST00000615264 874 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PSME2-218ENST00000630027 185 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 RMND5B-212ENST00000542098 1681 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF674-AS1-201ENST00000421685 2078 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TRIB1-203ENST00000520847 1332 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CSNK1E-201ENST00000359867 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 SNRNP27-201ENST00000244227 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KRT8P38-201ENST00000441370 1430 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 EPS8L3-202ENST00000361965 1971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 POPDC2-201ENST00000264231 1679 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC015818.1-201ENST00000451011 244 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MIR2278-201ENST00000516344 96 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC007656.1-201ENST00000552238 573 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 MIR5091-201ENST00000578707 93 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 AC006116.2-201ENST00000589958 988 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 NEK4P3-201ENST00000604859 544 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.63-201ENST00000617144 298 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms