Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC87Q9NVE4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC87Q9NVE4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms