Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NKX2-4Q9H2Z4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
NKX2-4Q9H2Z4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms