Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A3Q01955 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A3Q01955 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms