Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMS1P48059 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms