Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms