Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN3O15551 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN3O15551 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDN3O15551 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms