Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FP325330.2-201ENST00000624219 5630 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 PRKD1-201ENST00000331968 3726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 EXOC3-201ENST00000315013 2682 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 CALD1-205ENST00000422748 2665 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 MGRN1-203ENST00000415496 6405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 ZNF275-201ENST00000370249 5920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC112Q8NEF3 ZNF568-206ENST00000455427 2378 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MIER1-202ENST00000355977 3595 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF426-204ENST00000593003 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RAB3D-201ENST00000222120 4273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SMPDL3B-202ENST00000373894 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MTUS1-204ENST00000381869 6256 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MYO15B-236ENST00000633867 6323 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MANBAL-201ENST00000373605 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RIOK3-203ENST00000577501 1904 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TRPA1-201ENST00000262209 5223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TJAP1-204ENST00000372449 2695 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TGM1-201ENST00000206765 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 HTR5A-201ENST00000287907 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 Z98257.2-202ENST00000641138 1548 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SLC6A10P-201ENST00000330048 3846 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC144450.1-201ENST00000366424 1641 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 POLD1-210ENST00000599857 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MOV10L1-202ENST00000354853 1701 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 APOF-201ENST00000398189 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CYP26B1-205ENST00000546307 4331 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FSTL4-207ENST00000621681 2660 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AMER1-202ENST00000374869 3688 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF792-201ENST00000404801 3888 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ABLIM2-215ENST00000545242 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 YWHAZ-206ENST00000395957 5248 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 UHMK1-203ENST00000538489 8446 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SFI1-229ENST00000540643 4226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ERAP1-201ENST00000296754 5495 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ST5-256ENST00000534127 4545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP3M2-202ENST00000396926 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC01726-201ENST00000624692 1253 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CHD5-201ENST00000262450 9646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 STRA6-202ENST00000395105 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TNNI1-201ENST00000336092 1750 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TMEM229B-207ENST00000557006 3941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SPOUT1-201ENST00000361256 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SMYD4-201ENST00000305513 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 UGGT2-201ENST00000376712 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL133387.2-201ENST00000422661 2222 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms