Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMD1Q9UGP4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms