Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1AQ8TE12 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LMX1AQ8TE12 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms