Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD9Q3L8U1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
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