Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
MSX1P28360 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
MSX1P28360 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
MSX1P28360 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
MSX1P28360 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
MSX1P28360 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
MSX1P28360 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
MSX1P28360 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
MSX1P28360 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
MSX1P28360 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
MSX1P28360 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
MSX1P28360 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
MSX1P28360 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
MSX1P28360 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
MSX1P28360 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
MSX1P28360 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
MSX1P28360 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
MSX1P28360 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
MSX1P28360 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms