Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A1P12109 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms