Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PPM1M-201ENST00000296487 2429 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 U3.5-201ENST00000363448 216 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PLA2G2A-202ENST00000400520 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AF274858.1-201ENST00000406288 372 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 HNRNPA1P42-201ENST00000458678 957 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 TREHP1-201ENST00000531328 465 ntBASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ANAPC11-206ENST00000571874 636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SELENOW-202ENST00000593892 550 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SCGB1B2P-201ENST00000595013 612 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 EPB42-203ENST00000540029 2098 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 NEK3-210ENST00000620675 2072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CDYL-205ENST00000449732 2139 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CYP1A1-207ENST00000567032 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CAPN14-202ENST00000403897 2197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 TFDP1-201ENST00000375370 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 GP6-202ENST00000333884 2210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 HMOX2-201ENST00000219700 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 IFT22-210ENST00000517481 1657 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SFMBT2-202ENST00000379711 692 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KRT18P4-201ENST00000422599 1288 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 LINC01523-201ENST00000425385 450 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC023906.1-201ENST00000486386 453 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 NMNAT3-213ENST00000512391 794 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PRSS55-203ENST00000522210 1005 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PMEL-214ENST00000550447 901 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ADAMTSL4-AS1-203ENST00000617352 1036 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ZMYND15-206ENST00000592813 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AL357054.3-201ENST00000607084 2055 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CPPED1-201ENST00000261660 1898 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 HERPUD1-202ENST00000344114 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RCC2P5-201ENST00000492126 1487 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 TNNI1-201ENST00000336092 1750 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 LINC01656-201ENST00000415702 630 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 BX072579.1-201ENST00000449453 344 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 ORMDL2-205ENST00000552672 760 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
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TCOF1Q13428 PRL-201ENST00000306482 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PHKG1-201ENST00000297373 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AF013593.1-201ENST00000458074 1487 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 AC092535.1-201ENST00000417557 2165 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 YIPF1-201ENST00000072644 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 HIST2H2BF-201ENST00000369167 1954 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KLHL7-204ENST00000410047 1233 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 UBR5-AS1-202ENST00000520820 800 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 EMC4-208ENST00000559078 599 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 MT3-202ENST00000561640 514 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 KRT18P8-201ENST00000581937 1246 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 OSMR-AS1-204ENST00000636516 850 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PARP3-203ENST00000431474 2360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 SVIL-AS1-204ENST00000427063 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 MAGEA4-201ENST00000276344 1724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TCOF1Q13428 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
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