Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SH3BGR-202ENST00000380631 780 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MRPS12-202ENST00000402029 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 RPL14-203ENST00000416518 812 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MKNK1-205ENST00000428112 1270 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 FXYD6-208ENST00000529335 708 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SESN3-201ENST00000278499 1710 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CCNG2-202ENST00000395640 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MMP19-202ENST00000409200 1431 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC011477.7-201ENST00000617163 1440 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CAPN14-202ENST00000403897 2197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 PLEKHG6-201ENST00000011684 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SULT1A1-203ENST00000395607 1386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 UBE2A-206ENST00000625938 1381 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CUX1P39880 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 FAM86B1-203ENST00000448228 2096 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 TUBB4AP1-201ENST00000450755 1325 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 RPLP1-202ENST00000357790 445 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SPRY4-AS1-203ENST00000443800 566 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC005077.3-201ENST00000449614 213 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 C10orf91-203ENST00000490765 462 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NDUFB2P1-201ENST00000506966 295 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SMIM15-202ENST00000507416 584 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 METTL7AP1-201ENST00000547343 496 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ZNF850-201ENST00000589390 523 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SMIM26-203ENST00000608034 670 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 HRH2-202ENST00000377291 2561 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CUX1P39880 IL37-204ENST00000352179 709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 BCL2L11-203ENST00000357757 947 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NR1I3-201ENST00000367979 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NR1I3-207ENST00000367985 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MRPL55-219ENST00000391867 685 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 REG3G-202ENST00000393897 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NR1I3-225ENST00000508387 634 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC103736.1-201ENST00000524410 605 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 MBP-230ENST00000528160 584 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AP000920.1-201ENST00000531824 344 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AP001462.1-201ENST00000594089 452 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 HIST1H3E-201ENST00000614911 462 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CASP8-212ENST00000432109 1629 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SLC34A2-203ENST00000504570 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CNBP-203ENST00000446936 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CNBP-204ENST00000451728 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SPATS1-202ENST00000323108 1107 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 VASH2-205ENST00000366967 1206 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NUDT2-202ENST00000379155 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CD79B-203ENST00000392795 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC231533.1-201ENST00000416061 925 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC002127.2-201ENST00000444032 792 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC108724.1-201ENST00000481669 352 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 CRYBB2P1-204ENST00000509460 701 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 KRT17P4-203ENST00000579355 621 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AL353997.6-201ENST00000583394 621 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NUDT2-204ENST00000618590 825 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CUX1P39880 GUCY2EP-203ENST00000531117 1918 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 FGF21-202ENST00000593756 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 PSMC5-212ENST00000581882 1474 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CUX1P39880 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms