Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ASPG-206ENST00000551177 4851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL132709.1-203ENST00000555103 569 ntTSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ZSCAN10-205ENST00000572548 618 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CHCHD7-202ENST00000355315 1535 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CSPG4P12-202ENST00000559989 7790 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KRTAP2-4-201ENST00000394015 764 ntAPPRIS P1 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SIAH2-AS1-201ENST00000461943 441 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC131206.1-201ENST00000538078 1211 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC107871.2-202ENST00000563057 396 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SUPT4H1-201ENST00000225504 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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