Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 GZMB-201ENST00000216341 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CSHL1-201ENST00000259003 739 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC114812.1-201ENST00000421868 689 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP001615.1-201ENST00000423276 461 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 KCNK15-AS1-203ENST00000427598 862 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP001596.1-201ENST00000429340 781 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CSHL1-206ENST00000450719 973 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CMPK1-204ENST00000450808 950 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PSME2P2-201ENST00000453033 700 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP004550.1-201ENST00000532652 514 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 APOPT1-215ENST00000556253 783 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC245100.4-201ENST00000634549 1082 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HEXA-206ENST00000566304 1795 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RERG-201ENST00000256953 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC089987.1-201ENST00000551654 2209 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TINF2-215ENST00000626689 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FAHD2B-201ENST00000272610 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MCRS1-201ENST00000343810 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TMBIM6-217ENST00000549385 2771 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MIR1307-201ENST00000408840 149 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AAMDC-207ENST00000527134 693 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC016582.2-202ENST00000587765 1094 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AL162731.1-201ENST00000613248 876 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 Metazoa_SRP.63-201ENST00000617144 298 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PSMC5-201ENST00000310144 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 DLG2-205ENST00000398301 2070 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 OR2T8-201ENST00000319968 939 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TRPM3-205ENST00000361823 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CHEK2-203ENST00000382565 696 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ATXN8OS-202ENST00000424524 1236 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FRGCA-201ENST00000424933 422 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 STAG3L3-203ENST00000436857 1033 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CDK2-203ENST00000440311 1031 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TIMM10-202ENST00000525158 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC087741.1-205ENST00000572730 750 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FAM32A-204ENST00000588367 798 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AL357143.1-203ENST00000639750 881 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 OR2T8-202ENST00000641945 1226 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CUX1P39880 C18orf21-202ENST00000333234 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AL121656.1-201ENST00000440786 482 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC087071.1-201ENST00000469264 427 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RN7SL523P-201ENST00000484401 298 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC022113.2-201ENST00000504935 704 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AP003351.1-201ENST00000522743 668 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC010478.1-203ENST00000558403 532 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RN7SL602P-201ENST00000578326 324 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RN7SL718P-201ENST00000581254 303 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 NEK4P3-201ENST00000604859 544 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EIF3F-209ENST00000640290 372 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms