Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC3Q9BQI4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms