Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS41P49754 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS41P49754 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS41P49754 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS41P49754 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS41P49754 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS41P49754 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS41P49754 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS41P49754 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.4 ms