Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC38.71■■■■□ 3.79
CUX1P39880 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC38.7■■■■□ 3.79
CUX1P39880 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC38.7■■■■□ 3.79
CUX1P39880 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC38.7■■■■□ 3.79
CUX1P39880 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.7■■■■□ 3.79
CUX1P39880 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.7■■■■□ 3.79
CUX1P39880 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CUX1P39880 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CUX1P39880 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CUX1P39880 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CUX1P39880 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CUX1P39880 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
CUX1P39880 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.78
CUX1P39880 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.78
CUX1P39880 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
CUX1P39880 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.66■■■■□ 3.78
CUX1P39880 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
CUX1P39880 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC38.66■■■■□ 3.78
CUX1P39880 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.65■■■■□ 3.78
CUX1P39880 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CUX1P39880 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CUX1P39880 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC38.65■■■■□ 3.78
CUX1P39880 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
CUX1P39880 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC38.63■■■■□ 3.78
CUX1P39880 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC38.63■■■■□ 3.78
CUX1P39880 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC38.63■■■■□ 3.77
CUX1P39880 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC38.63■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC38.63■■■■□ 3.77
CUX1P39880 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CUX1P39880 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC38.62■■■■□ 3.77
CUX1P39880 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CUX1P39880 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC38.62■■■■□ 3.77
CUX1P39880 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CUX1P39880 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
CUX1P39880 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CUX1P39880 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC38.59■■■■□ 3.77
CUX1P39880 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CUX1P39880 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CUX1P39880 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC38.58■■■■□ 3.77
CUX1P39880 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CUX1P39880 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC38.58■■■■□ 3.77
CUX1P39880 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
CUX1P39880 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.76
CUX1P39880 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.76
CUX1P39880 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.76
CUX1P39880 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC38.57■■■■□ 3.76
CUX1P39880 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
CUX1P39880 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC38.56■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC38.56■■■■□ 3.76
CUX1P39880 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
CUX1P39880 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC38.54■■■■□ 3.76
CUX1P39880 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.54■■■■□ 3.76
CUX1P39880 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC38.53■■■■□ 3.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms