Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MKNK1-203ENST00000371945 2618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 UMODL1-206ENST00000408989 5262 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ATP2B3-201ENST00000263519 6420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 GLB1L3-201ENST00000389887 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 RBBP8NL-201ENST00000252998 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LIPA-202ENST00000336233 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 C2-206ENST00000442278 2434 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC6-202ENST00000369405 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FRMD8-201ENST00000317568 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ATG14-201ENST00000247178 4742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MSRB3-202ENST00000355192 4289 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF395-201ENST00000344423 4808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SDR16C5-202ENST00000396721 2399 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC134312.1-201ENST00000378417 3468 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SCNN1A-215ENST00000540037 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FGFRL1-201ENST00000264748 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SLC22A2-202ENST00000366953 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CLCN7-203ENST00000448525 4151 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MYLK-208ENST00000475616 5745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ADAM33-201ENST00000350009 3480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ABCA2-203ENST00000371605 8151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC093668.2-201ENST00000481893 3569 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC105052.1-201ENST00000519541 3569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF1-204ENST00000392445 2833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LINC01271-201ENST00000441214 2250 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS10-201ENST00000270328 4194 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ATG13-215ENST00000529655 2566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 DPP3-209ENST00000531863 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PRCP-201ENST00000313010 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 GPR88-201ENST00000315033 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KRT17P5-203ENST00000445433 2333 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 EGR1-201ENST00000239938 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ACSL1-201ENST00000281455 3832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.8 ms