Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PCDHB3-201ENST00000231130 3355 ntAPPRIS P1 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TRABD2B-202ENST00000606738 7034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PPP6R2-204ENST00000395744 3293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CIC-204ENST00000572681 8218 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 INSRR-201ENST00000368195 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ROBO1-212ENST00000618833 7492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ROBO1-213ENST00000618846 7483 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ALDH3A2-226ENST00000631291 3822 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 BNIP3-201ENST00000368636 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RPS27L-201ENST00000330964 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AP000347.1-201ENST00000417194 5004 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DGCR9-201ENST00000609630 2415 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC027288.3-202ENST00000550268 1820 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 USP19-208ENST00000453664 4719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 POLG-201ENST00000268124 4500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 MIR9-3HG-201ENST00000536780 4778 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CAB39-201ENST00000258418 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SCN2B-201ENST00000278947 5826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ALDH7A1-201ENST00000409134 4964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TCF23-201ENST00000296096 4882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AFF2-202ENST00000342251 7313 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC4A1-201ENST00000262418 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PLXNC1-202ENST00000545312 1813 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AMER3-202ENST00000423981 6172 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms