Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 HPGD-203ENST00000422112 805 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC104561.3-201ENST00000518590 715 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 DSEL-201ENST00000310045 9531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 KRTAP2-4-201ENST00000394015 764 ntAPPRIS P1 BASIC14.67□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
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