Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SP6-201ENST00000342234 3800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 WSCD1-202ENST00000539421 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HDAC4P56524 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms