Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 INTS1-201ENST00000404767 6959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 INO80-202ENST00000401393 5991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SSTR2-201ENST00000357585 7683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CEMIP-201ENST00000220244 7226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 NUP153-203ENST00000613258 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FLII-201ENST00000327031 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 ANO6-202ENST00000423947 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CCDC3Q9BQI4 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms