Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC28BQ9BUN5 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms