Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms