Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ALAD-201ENST00000409155 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 IFITM10-201ENST00000340134 3706 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC106818.1-201ENST00000623223 3242 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MOGAT3-201ENST00000223114 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 BIRC5-202ENST00000350051 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PCDHA11-202ENST00000616325 3418 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KIAA1191-202ENST00000393725 2700 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MAN2C1-216ENST00000563622 2961 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KIFC3-211ENST00000562903 3221 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MPP6-202ENST00000396475 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C19orf44-203ENST00000594035 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TMEM130-203ENST00000416379 2881 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 BEND7-201ENST00000341083 2239 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KRT75-201ENST00000252245 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TNFAIP8L1-202ENST00000536716 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SLC45A1-201ENST00000289877 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZFAND3-201ENST00000287218 3366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ADGRA1-201ENST00000392606 3438 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ACIN1-202ENST00000338631 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms