Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TLE1-203ENST00000376499 3893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HIST3H2BB-201ENST00000620438 2364 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZNF674-AS1-201ENST00000421685 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GDAP1L1-206ENST00000537864 2855 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NFATC4-207ENST00000553469 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KLHL13-207ENST00000540167 3396 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZBTB7C-213ENST00000588982 4949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FUK-201ENST00000288078 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC092535.1-201ENST00000417557 2165 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MCHR1-201ENST00000249016 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NEAT1-201ENST00000499732 1811 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZNF785-201ENST00000395216 3282 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DNMT3L-201ENST00000270172 1706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 APP-205ENST00000358918 2366 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NT5C3A-213ENST00000610140 1670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RIMS1-214ENST00000518273 4116 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KRT75-201ENST00000252245 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ARMC5-205ENST00000563544 3549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ELN-210ENST00000380584 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SREBF1-205ENST00000395757 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FGR-204ENST00000399173 2483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms