Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL357054.3-201ENST00000607084 2055 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PHTF1-203ENST00000369600 3075 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RBL1-201ENST00000344359 3225 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RPS6KA4-202ENST00000528057 3121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PRCP-201ENST00000313010 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GAL3ST4-202ENST00000411994 1404 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SYNRG-231ENST00000622045 3859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PTPRN-201ENST00000295718 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PLCB3-202ENST00000325234 3946 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RNF183-206ENST00000478815 2312 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RRAGB-202ENST00000374941 2061 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CHRNA3-201ENST00000326828 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RMDN3-201ENST00000260385 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GOLGA8VP-201ENST00000559009 1798 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MAP3K12-205ENST00000547488 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RASSF3-204ENST00000542104 3492 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MAPT-IT1-201ENST00000624111 3016 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 CORO7-201ENST00000251166 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIG1P18858 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms