Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LANCL3-202ENST00000378621 10298 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SMARCA5-201ENST00000283131 7923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 176.4 ms