Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TCAF1P1-201ENST00000414990 2232 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ELK1-201ENST00000247161 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TBC1D9B-208ENST00000519746 2755 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PCDHB3-201ENST00000231130 3355 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FAM219A-201ENST00000297620 3588 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 DLG4-203ENST00000399510 3975 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ZKSCAN7-201ENST00000273320 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TMPRSS3-203ENST00000398405 2754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RPS6KA4-202ENST00000528057 3121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
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