Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SIGLEC22P-201ENST00000599104 714 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TPM4-202ENST00000344824 1417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TNNI2-201ENST00000252898 678 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TNNI2-202ENST00000381905 706 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TNNI2-203ENST00000381906 745 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TNNI2-204ENST00000381911 743 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL137058.1-201ENST00000418237 673 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ITGA9-AS1-205ENST00000438136 578 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MRAS-205ENST00000474559 856 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC026191.1-204ENST00000517846 608 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CYB561A3-208ENST00000536915 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ANAPC11-221ENST00000584314 559 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MCEMP1-202ENST00000597445 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC018695.6-201ENST00000614011 534 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MIR3936HG-204ENST00000621103 1793 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PTGER4P3-201ENST00000458150 252 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CALCA-205ENST00000486207 851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SNRPF-204ENST00000552085 815 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 OCEL1-206ENST00000597836 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL078590.3-205ENST00000606039 465 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CRHR1-205ENST00000352855 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL4A4P53420 OR8T1P-201ENST00000421347 918 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 244.1 ms