Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
LHX3Q9UBR4 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 C4B-AS1-205ENST00000415626 2095 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 C4A-AS1-204ENST00000458633 2095 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms