Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MTMR9-201ENST00000221086 7481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC11.54□□□□□ -0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.6 ms