Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RPP40-201ENST00000319533 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC008763.2-203ENST00000595866 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BCAS4-201ENST00000358791 1378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 EEF1DP6-201ENST00000449232 372 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
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