Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC87Q9NVE4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms