Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD9Q3L8U1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
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